Erst im 19. Jahrhundert, also vor rund 200 Jahren, konstruierte der Instrumentenbauer Theobald Boehm die moderne Querflöte. Er brachte mehr Klappen an und ermöglichte durch das so genannte Boehm-System, alle Töne einer Tonleiter auf der Querflöte zu spielen.
Außerdem wurden ab diesem Zeitpunkt die Querflöten aus Metall gebaut. Meistens sind die Instrumente aus Silber, doch es gibt sie auch aus Gold.
Querflöten gibt es übrigens inzwischen in ganz verschiedenen Größen: Auf der kurzen Piccoloflöte, die kompakte 26 Zentimeter lang ist, kann man sehr hohe Töne spielen, auf der Bassflöte hingegen sehr tiefe.
Wie und wo die Querflöte entstanden ist, kann man heute nicht mehr genau sagen. Vermutlich begann die Entwicklung des Instruments schon vor über 2.000 Jahren in Asien. Das weiß man, weil es aus dieser Zeit Bilder gibt, auf denen Menschen eine Flöte blasen, die quer gehalten wird.
Im Mittelalter waren diese Flöten vor allem bei den Stadtpfeifern sehr beliebt. Später wurden sie dann von Hirten benutzt, die mit den Flötentönen ihre Schafe und Ziegen anlockten. Diese Flöten, die man Querpfeifen nannte, wurden erst aus Tierknochen, später aus Elfenbein, vor allem aber aus Holz gefertigt. Wegen ihrer Entstehungsgeschichte zählt man die Querflöte auch heute noch zu den Holzblasinstrumenten.